1. Τμήμα Κτηνιατρικής Μεσολογγίου, με έδρα το Μεσολόγγι στο οποίο υπάγεται και το Κτηνιατρικό Γραφείο Κατοχής.
2. Τμήμα Κτηνιατρικής Αγρινίου, με έδρα το Αγρίνιο, στο οποίο υπάγεται και το Κτηνιατρικό Γραφείο Θέρμου.
3. Τμήμα Κτηνιατρικής Αμφιλοχίας.
4. Τμήμα Κτηνιατρικής Ναυπακτίας.
5. Τμήμα Κτηνιατρικής Βόνιτσας – Ξηρομέρου, με έδρα την Βόνιτσα, στο οποίο υπάγονται και το Κτηνιατρικό Γραφείο Κατούνας και το Κτηνιατρικό Γραφείο Αστακού.

Τα Τμήματα Κτηνιατρικής και τα Κτηνιατρικά Γραφεία της ΠΕ Αιτωλοακαρνανίαςων είναι αρμόδια ιδίως για:

1. την εφαρμογή των προγραμμάτων υγείας και ευζωίας των ζώων, τη διενέργεια δειγματοληψιών και την πραγματοποίηση ελέγχων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,

2. τη συμμετοχή σε κλιμάκια για την έγκριση εγκαταστάσεων τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,

3. τη χορήγηση και άρση αδειών λειτουργίας μονάδων υδατοκαλλιέργειας,

4. την έγκριση εγκαταστάσεων πειραματισμού και πειραματικών πρωτοκόλλων σε ζώα,

5. την καταχώρηση εγκαταστάσεων τροφίμων ζωικής προέλευσης και ζωικών υποπροϊόντων, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,

6. τη μέριμνα και διασφάλιση της είσπραξης και απόδοσης αρμοδίως των κτηνιατρικών υγειονομικών τελών,

7. τη μέριμνα για τις δαπάνες εξυγίανσης του ζωικού κεφαλαίου και για την προμήθεια των απαραίτητων υλικών,

8. την έκδοση υγειονομικών πιστοποιητικών για τη διακίνηση των ζώων και ζωικών προϊόντων, την πιστοποίηση της άφιξης αυτών και την ενημέρωση του συστήματος TRACES,

9. την καταχώριση σε Μητρώα των εμπόρων ζώντων ζώων και ζωικών προϊόντων,

10. την πραγματοποίηση κρεοσκοπικού ελέγχου στα σφαγεία της περιοχής αρμοδιότητάς τους,

11. την έκδοση απόφασης λήψης και άρσης μέτρων στα πλαίσια της προστασίας και παρακολούθησης της υγείας των ζώων, των ιχθύων και των μελισσών,

12. την εκτέλεση των προγραμμάτων εμβολιασμού και εξυγίανσης του ζωικού κεφαλαίου, όπως ορίζονται από την κείμενη Νομοθεσία και την Κεντρική Αρμόδια Αρχή και ανατίθενται από την Διεύθυνση Κτηνιατρικής της Περιφέρειας,

13. την πραγματοποίηση Τεχνητής Σπερματέγχυσης στο ζωικό κεφάλαιο της Περιφερειακής Ενότητας, τήρηση αρχείων σύμφωνα με τις κατευθύνσεις της Κεντρικής Αρμόδιας Αρχής και κοινοποίηση αυτών στη Διεύθυνση Κτηνιατρικής της Περιφέρειας,

14. την πραγματοποίηση δειγματοληψιών στα πλαίσια του Εθνικού Προγράμματος Ελέγχου Καταλοίπων και του ΠΟΕΣΕ, όπως αυτοί ανατίθενται από την Διεύθυνση Κτηνιατρικής της Περιφέρειας,

15. τη χορήγηση οικονομικών αποζημιώσεων και ενισχύσεων που προκύπτουν από την επιβολή κτηνιατρικών μέτρων εξυγίανσης του ζωικού κεφαλαίου,

16. τη χορήγηση άδειας λειτουργίας σε εκμεταλλεύσεις ορνίθων πολλαπλασιασμού, επιλογής και εκκολαπτηρίου,

17. την καταχώριση – έγκριση εγκαταστάσεων και εκθέσεων, οργανισμών και ινστιτούτων αγρίων ζώων

18. τη χορήγηση και ανάκληση άδειας λειτουργίας κτηνιατρικών κλινικών και ενδιαιτημάτων, ιατρείων μικρών ζώων, γραφείων παραγωγικών ζώων, καταστημάτων λιανικής και χονδρικής πώλησης κτηνιατρικών φαρμάκων και μεταφορέων ζώντων ζώων,

19. τη χορήγηση και ανάκληση αδειών εκτροφής, αναπαραγωγής και εμπορίας σκύλων, εκθέσεων σκύλων, καθώς και αδειών ίδρυσης και λειτουργίας καταφυγίου αδέσποτων ζώων και έλεγχος αυτών,

20. την πραγματοποίηση ελέγχων στα πλαίσια της Εθνικής και Κοινοτικής Νομοθεσίας για την προστασία του ζωικού κεφαλαίου και την προστασία της ευζωίας των ζώων,

21. την πραγματοποίηση ελέγχων εγκαταστάσεων παραγωγής, επεξεργασίας και μεταποίησης ζωικών προϊόντων και καταστημάτων λιανικής πώλησης ζωικών προϊόντων, καθώς και εγκαταστάσεων συλλογής, αποθήκευσης και διαχείρισης ζωικών υποπροϊόντων,

22. την χορήγηση άδειας μεταφοράς οχημάτων τροφίμων ζωικής προέλευσης, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,

23. την χορήγηση έγκρισης οχημάτων μεταφοράς ζωικών υποπροϊόντων σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,

24. την πραγματοποίηση δράσεων ενημέρωσης και εκπαίδευσης κτηνοτρόφων της περιοχής τους.

Το Γραφείο Γραμματειακής Υποστήριξης είναι αρμόδιο ιδίως για:

1. την οργάνωση, ταξινόμηση και τήρηση του πρωτοκόλλου καθώς και του φυσικού και ηλεκτρονικού αρχείου της Διεύθυνσης,

2. τη διεκπεραίωση και διακίνηση της αλληλογραφίας της Διεύθυνσης,

3. την επικύρωση, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία, αντιγράφων και φωτοαντιγράφων, οποιονδήποτε εγγράφων ή δικαιολογητικών, τα οποία τηρούνται στο αρχείο της Διεύθυνσης,

4. ζητήματα διοικητικής υποστήριξης της διεύθυνσης και διαχείρισης του προσωπικού της.